まず日本で結婚届を出してください。最寄の役所から結婚届（正式には婚姻届といいます）をもらい、必要事項を記入して窓口に出します。奥さんの署名は不要です。また、証人2名も不要です。フィリピンの結婚証明書とその翻訳、奥さんの出生証明書とその翻訳、場合により、あなたの戸籍謄本が必要になります。これらの結婚・出生証明書は、フィリピンの国家統計局発行のものを用意してください。日本の役所で結婚が有効に成立したら、最寄の入国管理局で在留資格認定証明書交付申請の手続きをして、奥さんと子供さんを日本に呼び寄せます。

子供さんは、出生後3ヶ月以内に出生届を大使館に出しておけばよかったのですが、出さなかったので、日本国籍の再取得の方法により、最寄の法務局で再度日本国籍を取得する手続きをしてください。